南太平洋の火山島に、新種のプランクトンを追い求める海洋生物学者の父と２人だけで住んでいる少女ニム。ニムの母は鯨類学者で、鯨に接近したとき、突然の海賊船の出現で驚いた鯨に飲み込まれてしまって今も行方不明のまま。
ニムの父は研究に出掛けて突然の嵐に遭遇して遭難。予定の日になっても父が帰ってこないニムは、大好きな冒険小説の主人公アレックス・ローバーにSOSのメールを送る。
アレックス・ローバーの著者、アレクサンドラ・ローバー（ジョディー・フォスター）は、除菌スプレーを何本も使う極度の潔癖症で、しかも対人恐怖症／外出恐怖症。ニムを助けるために一大決心する・・・。
追加項目：ジョディー・フォスター主演