太郎が出した結論は、「一兆円を世界から国境を取り除くために使う。」ということ。空飛ぶ潜水空母「日本号」を建造している間に、世界中から正義と冒険心に富んだ仲間を集めるため世界一周の旅に出かける。帰国途中に搭乗機が墜落し、漁船「第３海南丸」に救われるが、船も台風に巻き込まれ、負傷した船長（海原竜造）に代わって必死で操船し船を救う。

　完成した日本号を受け取りにきた太郎は、騒乱罪予備で警察に追われ、日本号に乗ってなんと空に飛び立つ。自衛隊機に追跡されるが、日本号の飛行甲板に強行着陸した隊長（雷（いかづち）一佐）を乗せたまま、追跡を振り切る。日本号に緊急着陸したモナカ王国のメナン大王たちとともに、首相官邸で直談判。世界中の首脳から集めた日本号の冒険を認める賛同書を見せて、総理大臣も同意書を書く。

　メナン大王は、息子のキムチ王子、コック長のチンさん、医者のドクター・ヤング博士を日本号の乗員として残していく。また、雷一佐がロケット隊長に、海原竜造船長がパイロットとなる。世界中から300人の仲間が集まり、厳しい訓練を積んでいよいよ冒険航海に出る。

　選りすぐりの６人（日本太郎、山田野三六、T・T・エリック、リン・チャオ、ワンダー・フランス、アガール・アリ）がロケット機部隊＜日本号フライト＞の搭乗員となる。＜日本号フライト＞の宇宙での訓練パトロール中に円盤型宇宙船に出会う。天才科学者が自分の身体を宇宙船にして息子と宇宙をさまよっていたもの。父が死んで少年は太郎の仲間になり、アストロと名付けられる。

　改装されてさらに高性能となった日本号は、モナカ王国を狙うスネーク団のロケット編隊の襲撃を受け、撃退するものの、被弾して操縦不能となってしまう。その間に、アストロがロケット機に乗って砂漠の中のスネーク団の本拠地を一人でやっつけてしまう。

　「日本号」は山田野博士が現代の科学の成果を全て取り入れて日本造船（株）で建造したもの。建造費約2000億円。海中／海上航行、水中翼走、マッハ15での飛行、宇宙飛行が可能。ロケット機＜日本号フライト＞30機を搭載する。

　15年ぶりにマホメッド博士とともに帰国した三太を、CCCP（旧ソ連）のウルフ結社が狙う。その重要人物である大三元の娘チャイカがCIAにさらわれる。実は、CCCPは米国のロケットの機能を妨害するアンロック・マシンを日本に持ち込む陰謀を企んでおり、それを阻止しようとするCIAとの間で抗争が繰り広げられているのだ。

　チャイカとテレパシーで結ばれていることに気付いた三太は、救出に向かう。チャイカを乗せたCIAの車がヘリコプタに吊り下げられて逃走するところをCCCPに撃墜され、瀕死の重傷を負ったチャイカを三太が救い出す。大三元はCIAから多数の銃弾を受け、三太に捕らえられるが、謎の暗号（1-AM 4 65◎(99)）を残して死んでしまう。

　三太は暗号を解読し、アンロック・マシンが陸揚げされる九十九里浜に向かうが、貨物船の自爆によって事件は闇に葬られる。

　三太とマホメッド・ジュニアは、富士山の裾野にあるムウムウ教団の本部を偵察しているところを発見される。三太は、ゴリゴリ博士の率いるボースンとの戦いに苦戦のすえ、かろうじて脱出するが、ジュニアは捕らえられてしまう。

　ゴリゴリ博士は、かつて、死人を復活させる研究がマホメッド博士から非難されて学会から葬り去られてしまったことを恨んで、復讐を宣言する。三太は単身で教団本部に乗り込み、自分が人造人間ではないことをゴリゴリ博士に調べてもらい、誤解を解こうとする。ゴリゴリ博士は三太とジュニアを拘束したまま、偽物の三太とジュニアをエム・ハウスに送り込む。

　三太は拘束されたまま底なし沼に放り込まれしまうが、念力によって脱出し、ボースンを倒してジュニアを解放する。エム・ハウスに現れた偽物たちもかろうじて撃退される。ジュニアが持ち帰ったムウムウ教団の戦闘機を証拠に、警察が教団本部に向かうが、謎の爆発により一夜で一面の草原に変わってしまう。ムウムウ教団は、東京を草原に変えてしまう作戦を決行しようとしているのだ。

　三太は長野県の山奥の積雪地帯に誘い込まれ、細胞が不活性になった状態で銃撃され、氷結した河川の下に閉じこめられる。猟師に発見され、かろうじて生き返った三太は、教団本部を襲撃し、発射されたロケットを念力で破壊する。

　本名は牧村三太。エムエムは、ミラクル・マイティの頭文字。15才、身長152cm。一人乗りヘリコプタであるエム・マシン、さまざまな機能を持った水陸両用車エムエム・モンスーン、エム・ハウス、ペンシル・ロケット、インパクト・ガン、石油ピッチを発射して相手の目つぶしをするピッチ・プッシャー・ガン、銃弾で穴が空いてもすぐに塞がるガム＝シルキス繊維などを発明する。

　謎の男が、三日後に入港してくる漁船を守って欲しいと依頼する。手付け金１千万円、無事入港したら残り１千万円を支払うと言うが、力丸は保安庁に頼むようにと断る。
　その後、ナミちゃんの父でのんべえの阿部忠の漁船がエンジン故障で漂流。パトロール船のRIKI-MARUで救助して帰港した夜、阿部忠を家に送る途中でポパイがさらわれる。例の男がポパイを返して欲しければ仕事を引き受けるよう力丸に迫る。男はクリンチと名乗る元ヘビー級ボクサーあがりだった。

　阿部忠が身代わりとなる代わりに戻ってきたポパイと力丸は、水中円盤＜スキップ・ジャック＞で八丈沖に向かう。途中で無線装置が破壊される。出航前に、電気屋が探偵長に頼まれたと言って持ってきた交換用の真空管が爆発したのだった。

　一方、オカッパは、力丸に頼まれてクリンチの正体を探るうちに、海野漁業の社長であることを知る。社長の乗った車を尾行するオカッパは、後方からも、もう一人のクリンチの乗る車が追跡してきたことに驚く。その車からミサイルが発射され、脱出したオカッパは、クリンチの銃弾を受けてしまう。

　八丈島沖に到着した力丸らは、そこで新たな指令を受け取り、貨物船「海神丸」を発見。スキップＪは海面から飛び上がって「海神丸」の甲板上に着船するが、瀕死の船長一人だけを発見。舵も壊されていた。意識を取り戻した船長は、船に爆弾が仕掛けられていることを告げるが、その予告時間はすでに過ぎていた。そこに、謎の潜水艦が魚雷を発射。「海神丸」は撃沈されてしまう。

　とあるホテルに呼び出された海野漁業の社長は、そこで自分そっくりに整形したクリンチと対面し、ガス銃で殺されてしまう。そこに防弾チョッキのお陰で助かったオカッパが現れ、クリンチを捕らえる。

　からくも脱出した力丸らはスキップＪで謎の潜水艦を追跡。気付いた潜水艦は２隻の＜ブルー・ダート＞を発進させるが、スキップＪはそれらを撃破する。海底の洞穴に逃げ込んだ潜水艦は、後を追って洞穴に入ってきたスキップＪに魚雷を浴びせて逃走する。スキップＪは円盤部分を切り離して助かるが、燃料が尽きて漂流。そこに謎の潜水艦が浮上し、力丸らは、潜水艦の船底に爆弾を仕掛けたとウソをつき、乗員が逃げ出したところを艦長を倒して潜水艦を乗っ取ってしまう。

　実は、アフリカのダイヤモンド鉱山から百億円分のダイヤが盗まれ、それを運ぶ青野漁業の貨物船を整形したクリンチが船ごと横取りしようとしたのだった。

　半年後、東京湾の近くでＡ・Ｔが出現し、山野大助少年、父の山野博士、船長の３人の乗った海洋調査船を砲撃。岸に流れ着いた大助の前に、水中円盤（Ｄマックの＜スキップ・ジャック＞そっくり）に乗ったスキップ・レッドと名乗る男トムソンが現れる。
　山野博士と船長も助けられていた。トムソンは優れた理工学者で、機械化された服メックウェアに身を包む。４人は水中円盤で海底にいる潜水艦＜グルップ号＞に向かう。そこには行方不明になっていたキンケードがいた。

　ハーケン・クロイツは日本の予算の十倍もの利益をあげ、領土を持たない国家として、世界中に3000万人の団員がちらばっている。そのハーケン・クロイツがＡ・Ｔと引き替えに米国の西部の州の一つを要求。5日後の8月31日までに領土を引き渡さなければ、Ａ・Ｔを世界のどこかの都市に上陸させるという。キンケードとトムソンは全財産をつぎ込んで＜グルップ号＞を建造し、Ａ・Ｔを追いつめてきたのだ。

　大助とトムソンは、それぞれ潜航艇に乗って、海底に潜んでいたＡ・Ｔを攻撃するが、反撃されてしまう。一方、＜グルップ号＞は約15ｍの泥土層で覆われた海底斜面に何発もの地震弾を埋め込んでいた。そこに、Ａ・Ｔが現れ、＜グルップ号＞に原子砲を打ち込んで撃沈する一方、Ａ・Ｔも地震弾の爆発による地滑りによって、５千ｍもの深さの海溝に押し流されてしまう。

　キンケードと山野博士は、間一髪で水中円盤で脱出するが、Ａ・Ｔは破壊間際に原爆を積んだミサイルを発射。キンケードは山野博士をカプセルで脱出させ、自分は水中円盤でミサイルを追跡し体当たりで爆破する。山野博士は、トムソン・スキンを着て潜航艇から脱出していた大助とトムソンに助けられる。

　太平洋の各地で攻撃型潜水艦が撃沈され、その数は６隻にのぼった。テロ団体から米ソに次ぐ経済団体になった秘密結社マックスの仕業とみられるが、これまで撃沈された海域は、どういうわけか青の本局を中心とする円状に分布していた。

　青の６号くろしお号（2,700トン、伊賀艦長、早田副長）も青のドームに帰投途中に正体不明の潜水艦（ムスカ）に尾行されるが、ノボに行動不能にされたムスカは自爆してしまう。残骸を調査した結果、動力源はインゴリン（過酸化水素）を燃料とするワルター機関に類するもので、航続時間がせいぜい12時間であることが判明した。また、ムスカの音データを元に、青の日本支局で怪潜を識別する装置「マックス・パース」が開発され、青の102救難補給艦「ちはや」（5,700トン）に積みこまれた。これを受け取るため青の全艦が集合海域に向かい、青６もフリッパーとその搭乗員、山野ケン太と沖田竜次を乗せて出動する。

　マックスの浮遊潜水艦基地「ストリーム・ベース」は、12隻の万能潜水艦ムスカの隊長としてベルグを迎えるため、浮上する。ベルグはかつてドイツ海軍きっての潜水艦長で、ソビエト海軍の潜水艦訓練学校校長としてマックスに潜水艦乗りを送り込んでいたのだ。そこに偶然に遭遇した「ちはや」が撃沈され、集合した青の潜水艦隊は、近くにあるはずのマックスの基地を求めて追撃を開始する。

　まず、青の８号パイロン（300トン、中国、マオ艦長）がムスカの１隻を撃沈するが、ストリーム・ベースに撃沈されてしまう。青６は４ノット半の海流に乗って浮遊するストリーム・ベースをついに捉えるが、ロケット弾の猛襲を受け、フリッパーが身を挺して防ぐ。青６は反撃してストリーム・ベースを破壊。続いて５隻のムスカをオトキチで撹乱し、スタンピート、魚雷、ビッグロックの全弾発射で撃破。しかし、ベルグのムスカ１号が生き残り、青６は丸腰のまま体当たりを決行するが、紙一重でかわされる。

　ベルグは青６の艦長がかつての盟友、伊賀大作であることを知り、青６に不発弾を打ち込んで立ち去るが、青の１号コーバック号（5,500トン、米国空軍所属、ギルフォード艦長）に接戦の末、撃沈されてしまう。

　コーバック号が調査に向かうが、青６も命令を無視して出港する。大和の沈没地点に到着したコーバック号は、電子頭脳ダイナがムスカ66に誘導された赤ハゲの動きに惑わされて、海底崖に激突・沈没する。

　ストリーム・ベースを破壊されたマックスは、孤島の難破船にアジトを移し、蛭田博士の「ヤマト・ワンダー計画」、赤ハゲの音波誘導実験、ムスカ潜隊の再建、そして、マックスの海底首都＜ビッグ・マックス＞の建設を進めていたのだ。

　パトロールに出たフリッパーはヤマトに出会い、海中を自由に泳ぎ回る改造人間たちに捕らえられる。ケン太と竜次はボガー艦長に艦内を案内され、ヤマトの驚異的な力を知らされる。フリッパーの帰投を待っていた青６は、赤ハゲに襲撃されるが、偶然発射されたオトキチによって辛くも危機を脱し、浮上して損傷した舵を修理する。その上空をコーバック号救難のためのレスキューサブが空輸される。

　青６はフリッパーを諦めて本局に帰投途中、ついにヤマトに遭遇。ちょうど青の哨戒艦シャーロット号（対潜フリゲート、2,300トン）もヤマトを捉え、攻撃を開始するが、あえなく撃沈される。その間、接近した青６は、ヤマトと熾烈な闘いを繰り広げ、双方とも被弾する。この攻撃でフリッパーが収容されていた区画が破れ、ケン太らが脱出する。

　一方、青６は緊急浮上中、ヤマトに激突・大破し、伊賀艦長を洋上に残して沈没してしまう。かなりのダメージを受けて浮上したヤマトは、対潜支援空母ブルーホーク（1,600トン）からの索敵機に攻撃されるが撃墜する。

　漂流する伊賀艦長は、到着した青の３号マラコット号（2,900トン、英国、フリント艦長。707のモビー・ディックに似ている）にフリッパーの収容を頼む。ムスカの接近によって、マラコット号は急速潜航するが、ホーミング魚雷に追跡される。フリッパーの固縛索が切れ、フリッパーがタテとなったお陰で辛くも助かるが、さらにムスカに追撃されるところを、間一髪でコ−バック号二世に助けられる。コーバック号二世は、伊賀艦長と、奇跡的に再浮上に成功した青６の早田副長他の乗員を収容していた。

　青の全潜艦隊がヤマト攻撃に出動している間、赤ハゲとムスカ潜隊は青の本局を急襲。戦闘艇シャークとノボが反撃するが、赤ハゲの猛攻に苦戦する。ロケット攻撃のためドームを緊急開放しため、回航されていた青の６号二世はドーム外に押し出される。対抗手段を全てなくした青のドームは、ついにＢ号プッシュによる緊急浮上で総攻撃をかわす。

　一方、赤ハゲは、ノボの攻撃によってムスカ66からの誘導音波が途絶えたため、暴走してムスカ潜隊を壊滅させる。生き残ったのはバトル将軍のムスカのみ。ようやく帰投したコーバック号二世は、ムスカから分離したトーピード・カプセルの攻撃をかわす間に、ムスカに真後ろにくっつかれる。危ういところを補助推進器に見せかけた艦尾ロケットでムスカを撃沈する。

　５日後、浮上している青のドームから青の６号二世、コーバック号二世、マラコット号らが再出撃する。青６二世は、長年マックスに潜入していた野中二尉（『丹下左膳』の闇太郎に似ている）の指示に従い、フリッパーで水中衛星タンデムを破壊。一時的に機能停止したマックスの本部ビッグマックスを特殊魚雷で撃破する。

　その他の青の所属艦隊：
・ブルーベイ号（青の０号、12,000トン、補給潜水艦）
・タルボット号（青の７号、2,300トン、オーストラリア、バーク艦長）
・はやて（高速対潜フリゲート、1,600トン）