上述の通り豆潜水艇の使用を中止するとともに、改造型の新造を進めるべく早速設計に着手した。
設計、建造が進む間、海軍側の乗員養成のため、豆潜水艇の二号艇を使って呉海軍工廠で指導訓練が行われた。その指導には二号艇の乗員福永重一氏が主として当った。（戦後ＮＨＫＴＶ番組「スポットライト」に出演：後述の戦後編「スポットライト」の項参照）
この改良型の設計は、牧野茂技術中佐（のち大佐、戦艦大和設計主任、戦後、防衛庁及び三菱重工顧問、東大講師など歴任、平成８年（’９６）８月没、９３才）を中心に、有馬正雄技術大尉、堀内康夫技術中尉が加はって、呉工廠に運ばれた二号艇をもとにして、改良点をチェックしながら早急に進められた。
２号艇の改良点は次の通り
２．救難ブイと山高シャックル（吊り上げ索自動取付金物）を新規に付けた。
３．マンホールの覗き窓（出っ張り）にワイヤが引掛からないように工夫をこらした。
４．後部に立っている排気筒を着脱式（取外し可能）にした。
５．西村式では前部フェンダー（防舷材）が山型鋼であったが、これをパイプ（鋼管）にした。（水中での浮力をつけるため、水上航走中の耐波性改善）
２．両舷側にバラストタンクを固定とした。
３．中央下部に蓄電池を置いて人の移動を容易にした。
４．マジックハンド（作業棒）は１本にした。
以上が主な改良点であるが、水中速力、持続力その他は西村式と殆んど変らない。
以上の改良点をふまえて、呉海軍工廠で約３ヶ月かゝって２隻を建造した。
進水・試運転には二号艇の福永重一氏も立ち会った。日本海軍にとってこの２隻の潜水作業艇は全く新しい種類の船で、雑役船の中に特別に「潜水作業艇」という船種を新設、呉工廠の附属艇として、昭和１４年８月１７日付で夫々３７４６号、３７４７号という番号を附して正式に海軍が採用した。つまり西村式豆潜水艇第二号艇改造型が海軍に採用されたのである。
この２隻の潜水作業艇の内の１隻３７４６号は呉海軍工廠に、他の１隻の３７４７号は沼津の海軍技術研究所音響研究部（後の第二海軍技術廠）に夫々配備された。
この潜水作業艇はしばしば救難作業に使用されたがその詳細は全く不明である。しかし呉の３７４６号艇は堀内康夫技術中尉が指揮して調査作業を進め、一ヶ月後に沈潜”イ６３号”を確認している。
”イ６３号”の救難引揚作業は世界的にも未曾有のサルベージで、その詳細については、義田、寺田の両技術大尉が夫々「船の科学」（Ｓ２４年６月号船舶技術協会）と「丸・別冊」（平成７年４月豆潜と潜水艦引揚げ作戦）に記述されている。
※筆者註：平成７年４月に発行された「丸」別冊・”戦争と人物１４”に未発表ワイド画報として「豆潜と沈没潜水艦引揚げ作戦」で上述の”イ６３号”潜水艦引揚作業について豆潜２号艇と改良型豆潜（海軍）の２隻の貴重な写真をまじえて詳細に発表されているので関心のある方は参照されたい。
