海岸にたたずむ速水艦長に夢現通信（アスリープ・コム）が届いた。４億光年の彼方のシロマ星(*2)より一人乗り宇宙船「シーラカンス」で地球に到着していた天才科学者エイデネルブからのものだ。日本海溝最深部のラマポ海淵に深海底炉井基地(*3)があり、地球のマグマが盗掘されているというのだ。

　エイデネルブは速水艦長を無人飛行機で小笠原諸島の聟島(*4)に運ぶ。そこにはスクラップ業者に売り渡されたはずのサブマリン707(二世)が係船されていた。そこで、速水艦長はエイデネルブの助けを借り、707を艦長の操船経験・思想によって発展させた「サブマリン707F（フュージョン）」の夢現設計(*5)を進めることになる。

　米原潜オーガスタ（AUGUST、SS-779）は、海中でELF（極超長波）、VLF、ULF通信が不能となって浮上。洋上で数年前から同海域でうわさされるようになった光の集団が海中に突入する「ネプチューンの花火」(*6)を目撃する。同じく米フリート、エイファクセン（208）も目撃するが、両船とも我が目を疑い、報告書に記録されることはなかった。

　それは、ラマポ海淵の超高圧による膨大なエネルギーが、23日に一度、宇宙に放出され、その瞬間、5.67秒間だけ深海底と宇宙が直結する知られざる「深海の窓」が開く現象だった。

　千太は国立深海技術試験所の研究員として、集中するエネルギーの間欠的放出現象である「澪（みお）現象」の解明に取り組んでいる。しかし、所長に荒唐無稽とこき下ろされ、辞表を突きつけて所を去ってしまう。その千太にもエイデネルブの夢現通信が届く。
　失業した千太と結婚することに平気な茶衣香（チャイカ）は、潜水艦をカワユイと思う不思議な女性。その父はなんとあの南郷副長、今は海辺のレストラン「せんすい館」のマスターだった。その茶衣香と南郷副長にも夢現通信が届く。

　一方、米国でも密かに巨大海中戦艦「スターズ・アンド・ストライプ」(*8)をヴォストークより１年先駆けて就役させていた。２年４ヶ月の隠密行動で乗員のストレスが限界に近づく中、突然、船体が行動不能のダッチロール状態に。速度も深度も異常表示され、パニックとなる寸前、冷静さを取り戻し、バブル放出や音速測定で状況を把握しようとする。その結果、水深4000ｍの深海で27ノット以上ものジェット・ストリームに巻き込まれていることが判明する。

　ヴォストークは、ソ連海軍が作成してきた精密な海底チャートによって狭水路を高速自動航行する。その前方に米原潜タピオカ（SS-777）が現れるが、発射された模擬魚雷をものともせず、タピオカを巨大な尾翼で分断してしまう。そのヴォストークも突如27ノットのジェット・ストリームに巻き込まれ、行動不能となる。

　深海の高速ダクト(*9)に巻き込まれてしまった「ヴォストーク」と「スターズ・アンド・ストライプ」。実は、艦長以下の乗組員がエイデネルブの夢現通信を受けていたのだった。

　シロマ星の崩壊の危機が迫り、救世主エイデネルブの指導のもと、まず時間稼ぎのため過去100年にわたって「シチャルパルーラ船団」が地球のマグマを運び込んでシロマ星を延命させてきた。そしてその間に、移民船「シロマノーア・アシルパ」(*10)の建造を進めるとともに、暫定移住地として、地球から3万6900光年の銀河系外縁近くに直径５ｋｍの人工惑星「ヌイ・シロマ」の建設を進めた。最終的な移住地である第三のシロマ星は地球からさらに10億光年の彼方にあり、まだ光合成が始まったばかりで移住可能となるのは千年先だったからだ。

　避難移住地となるヌイ・シロマ星には、20年前からシロマ星のタンカー「シ・ルーラ」が地球のマグマを運び続けてきた。すでに2万2000トンのマグマを運び、残る3000トンを運ぶと、ヌイ・シロマ星の完成とともに地球は崩壊する運命にあった。

　シロマ星の崩壊がついに始まり、まず、マグマ盗掘船団（マグマ・コンボイ）がヌイ・シロマ星に向けて４億光年、369日の最後の超光速航海に出発した。次いで、シロマの全軍を統括するモーグロー提督の「パイカル艦隊」が出発した。提督は、地球からマグマを盗掘し地球の崩壊を早めてまでもヌイ・シロマ星の完成を早めようとする首謀者だった。最後に、女王シルエトク（"美しい大地"の意味）、大公殿下タルヒ、王女クンネイワ（"夜明け"の意味）ほか573万6000人を乗せてシロマノーア・アシルパが出発した。

　シロマ星はやがて崩壊。光速の数千倍で超光速航行するシロマノーア・アシルパに、モーグロー提督（実はタルヒ大公殿下の叔父）の宇宙船ライト・セイルが接近、牽引ビームで収容する。提督はシルエトク女王を提督の艦に移すよう要求するが、女王は提督の野望に利用されるのを嫌ってシロマノーアの特殊空間に入ってしまい、手が出せない。諦めた提督はパイカル艦隊とともに一足先に地球の深海の窓に突入する。

　過去、世界各地で目撃されてきたUFOは、シロマ星の円盤型移住調査船であり、時に干からびた牛が残されたのは、栄養源の調達（キャトルミューチレーション）のためのもの、ミステリーサークルはUFOのための飛行標識であった。そうして密かに深海底炉井基地が建設されたとき、速水艦長の宿敵であったレッド大佐（ムウ潜団の巻）の陽動作戦による協力があった。

　モーグロー提督は、その息子、レッド・シルバ（またの名をホルツ・イワノビーチ・シュナイダー、ドイツ系ロシア人）を迎え、海中高速戦闘艦「ホルケ・オルカ（牙をむくシャチ）」を与えた。さらにエイデネルブの裏をかいて「ヴォストーク」からボルガ・ポリヤンスキ少佐の率いるムスカ潜隊(*13)を寝返らせることに成功したのだった。
　米原潜ラガー（RUGER、SS-779）が目撃した洋上をジャンプするUDOは、このムスカ潜隊だった。

　速水とエイデネルブの協力で夢現設計された異星間同盟潜水艦サブマリン707F(*14)は、動力船アシルパ内の疑似日本海溝デプスベッドの1000気圧下で夢現製造（アスリープ・メイク）されていたが、ついに完成。

　王女クンネイワは707Fのクルーとなって地球の生存を賭けてモーグロー提督らと戦うことを決意。707Fと一緒に地球にいるエイデネルブのもとまで３億光年をテレポーテーション（トウ・キ・ヨウ、桃気陽）することに成功する。クンネイワは地球の美しい海（ピルカアトウィ）に感激し、エイデネルブに潜在能力を拡張されたイルカのタンヌに先導されて聟島に急ぐ。

　速水艦長の目の前についに707Fとクンネイワが姿を現す。水深4000ｍを96ノットで航行する707F。深度4000ｍを越えると、半径1845ｍのエイデネルブ・ミンタル・フィールド(*12)が展開され、1000気圧（１万ｍ）まで潜航可能となり、900ｍの視界"ファイヤフライ・ゾーン"が開ける。その能力に驚嘆する速水艦長。

　しかし、この驚異的な性能も、同じくエイデネルブ・ミンタルが展開されているネプチューン・ベッドでの戦いでは役に立たない。しかもシロマ人は遥かな過去に海を失い、深海での戦いを知らない。だからこそ、エイデネルブは長年にわたって地球人との協力を模索してきた。これが、エイデネルブが速水艦長らの経験と戦術を求めた理由であった。

　エイデネルブの夢現通信によって、さらにPKN派遣船「うねび」(*15)を受領してきたばかりの水早賢二艦長以下の乗組員、並びに、潜水艦「おおしお」の日下五郎艦長以下の乗組員も、地球の生存を賭けた「アシルパの戦い」に参加する覚悟を決める。そして、賢二の息子の水早亜海と、五郎の息子の日下太洋（15才）も、一足先にシロマノーア・アシルパにテレポーテーションし、新型ジュニアで戦闘訓練を受けていた。

（コンボイ編では、潜水艦「おおしお」（594、排水量2400トン、乗組員97人）の艦長が水早賢次、護衛艦「しおかぜ」（排水量3200トン、乗組員120人）の艦長が日下五郎となっており、両艦が演習中に「おおしお」が空中をジャンプして「しおかぜ」に衝突、乗組員のうち30数名と船体そのものが行方不明となってアシルパ艦隊に参加する）

　同じ理由で、モーグロー提督側も、地球の深海では攻撃力が何の役にも立たないパイカル艦隊の代わりに、レッド将軍らを味方に引き入れたのだった。

　深海の窓「プヤルポイント」が開く時が近づく。それにつれて深海の高速ダクト(*9)も加速され、707F、ヴォストーク、スターズ・アンド・ストライプの３隻はシロマノーア・アシルパとの会合点であるラマポ海淵に急速に近づく。

　地球に到着したシロマノーア・アシルパは、いよいよ宇宙からプヤルポイントに突入する。ちょうどその時、イバヤ大佐、茶衣香、レッド・シルバの乗るネプキ号も地球大気中からプヤルポイントに突入。シロマノーア・アシルパは間一髪でネブキ号との衝突を回避し、無事、日本海溝水深4000ｍの懸吊定点に収まる。

　そこで、集合したアシルパ艦隊−707F、うねび、おおしお、ヴォストーク、スターズ・アンド・ストライプ−を動力船アシルパのビッグスフィア内に収容する。そこは、DNA縮小技術(*10)によって広大な海洋空間が形成されていたのだった。そこでアシルパ艦隊はシミュレーションによる戦闘訓練を繰り返す（マグマコンボイ編）。

　エイデネルブは、炉井基地攻撃で活躍を期待していたムスカ潜隊の裏切りにショックを受け、作戦変更を強いられる。シロマノーア・アシルバを襲うと予想されるムスカ潜隊を迎え撃つため、うねび、おおしお、水早亜海とクンネイワのジュニア（マグマコンボイ編では707Fエッグ（707F-1））は、アシルパのビッグスフィアに残る。

　一方、炉井基地には、707F（速水艦長、南郷副長）と「ヴォストーク」と「スターズ・アンド・ストライプ」と日下太洋のジュニア（707F-2）、エイデネルブと千太の「シーラカンス」とタンヌが向かうこととなった。

　炉井基地は60基のガンポッドで守られており、その３分の１が損傷すると、炉井が自爆しマグマな大噴出して地球が崩壊する。このため、アシルパ艦隊は一切反撃できず、唯一、ジュニアのスーパートーピードでエイデネルブ・ミンタル・ジェネレータを破壊し、深海の超高圧でマグマを封じ込めるしかない。

　「シーラカンス」のエイデネルブは、炉井基地の茶衣香のトランスポーテーションを試みるが、モーグローらに夢現通信による接触を妨害される。しかし、ついに千太の愛の力で茶衣香に接触し、救出に成功する。

　突入するアシルパ艦隊に、海底から機雷が次々と上昇するが、強大な攻撃力を自ら封じたヴォストークが盾となって707Fを守る。その上をスターズ・アンド・ストライプが突入し、待ち受けていたレッド・シルバの「ホルケ・ボルカ」に攻撃するいとまも与えず、体当たりし、両艦とも撃破・沈没する。

　ゴラン高原を越えたジュニアとタンヌに、炉井を守るガンポッドから小型トーピードによる十字砲火が降り注ぐ。今度は707Fが傘となるが、たちまちハチの巣となってミンタル・ジェネレータの機能を失う。その707Fの上に、ヴォストークが傘となって覆い被さる。

　タンヌとジュニアはシャーベットボトムの下に潜り込み、そこで待避しているパイカル艦隊を発見。しかし、艦隊の動力源が発するパルスによってタンヌの聴覚が狂わされる。弾幕を一身に受けていたヴォストークがついに沈没。そこでパイカル艦隊は戦意を喪失し、次々と脱出を始める。

　ジュニアはついにジェネレーターを発見。スーパートーピードが発射せず、太洋は体当たりを覚悟するが、間一髪で発射し破壊する。ミンタル・フィールドが消失し、水圧の洗礼を受けるアシルパ艦隊。そこでエイデネルブが奇跡を起こし、傷ついたアシルパ艦隊の全艦をネプチューンの花火で海面に運ぶ。

　同じ頃、シロマノーア・アシルバでは、水早亜海とクンネイワが新型ジュニアで戦闘訓練中、ムスカ潜隊が急襲。クンネイワのジュニアが被弾し沈降していく。亜海はムスカの１隻を撃沈、残る２隻のムスカがビッグスフィア内に侵入しようとずるが、「おおしお」と「うねび」によって撃沈された。クンネイワは沈降するジュニアからトウ・キ・ヨウで無事脱出。

　その頃、陸上では電気、ソーラー、水素、希薄燃焼エンジン車、上空には高効率燃焼エンジンを搭載するローターレス又はノンローターヘリなどシロマ星の文明が緩やかに移植されつつある。

　グラビテーション・タワーの管理機構、OMUNIが国連によって設立され、千太はその理事長に就任。ぎりぎり与えられた時間の元で地球生存を勝ち取るため世界の頭脳を結集して研究に取り組む。