・「しんかい2000」と「しんかい6500」とでは窓配置が違い、それに伴って３人の搭乗員の座り方も異なる。
・宮中重量は約25トン。チタンフレームにFRPの外装や各機器をボルト締めしている。フランスの6000ｍ潜水調査船「ノチール」は18トンだが、軽量化のためボルトを使わずに金属製ストラップで締めつけている。
・耐圧容器は、人が乗船する耐圧殻、インバータ容器などごく限られており、大部分は油漬け均圧容器になっている。
・「しんかい2000」では電線コネクタからの浸水による漏電に悩まされた。「しんかい6500」では水密よりも油密の方が容易なことから、油漬け電線が採用される。油漬け電線はコネクタ部分が電線部分より上になるように（Ｕ字形に）装着する。これによって海水が浸水してもコネクタ部分は油漬けが保たれる。
・スラスタは起動してから全速まで11〜13秒掛かる。これでは海底で１ノット（0.5ｍ/sec）程度ある流れのなかで、思うような操船ができない。そのため、応答性のよい小型のダクト・プロペラをあちこちに沢山取り付ける方式に改造したいが、一度完成したものの改造費はなかなか取れない。
・「しんかい6500」では垂直尾翼が後退翼な理由は？
＝「しんかい6500」誕生物語
・「ハイパードルフィン」、「ドルフィン3K」、「しんかい2000」にはSuper HARPカメラが搭載されているが、「しんかい6500」や「かいこう」だと耐圧容器の肉厚を厚くするためにカメラ全体のサイズ・重量が大きくなりすぎ、簡単な改造では搭載できないため、まだ搭載されていない。
・ずっと銀亜鉛電池が搭載されていたが、2004年よりリチウムイオン電池に換装される。
・支援母船の「よこすか」も操船技術も凄い。万一「しんかい6500」が浮上できなくなっても、海底から100m立ち上げた救難ブイを、洋上から八ツ目錨で絡め取ることができる。
＝海中探索物語